Leo Duarte nasce a Mococa nello stato di Sao Paolo il 17 luglio 1996. Il centrale di difesa ha da poco compiuto 23 anni e in patria è ritenuto un talento in fase di crescita importante. Duarte muove i suoi primi passi nel Desportivo Brasil, dove viene notato fin da subito da un colosso carioca come il Flamengo. A gennaio 2014 il trasferimento e dopo un paio di annate trascorse nelle giovanili a farsi le ossa, ecco l'esordio in prima squadra. La prima gara arriva il 14 maggio 2016 contro lo Sport Recife, vinta dal Flamengo 1-0. In poco più di due stagioni, Duarte ha totalizzato 63 presenze e segnato 2 gol.