Dopo la conclusione della beffa Europeo, Rui Costa torna a Milanello, ma anche tra le mura rossonere sembrano in atto importanti cambiamenti. Il Milan acquista un giocatore semi-sconosciuto, un certo Kakà, stesso ruolo del portoghese ma più giovane e veloce. Le prime sensazioni in allenamento parlano del brasiliano come un trequartista atipico, nuovo, moderno. Di certo molto diverso da Rui Costa. L'ambientamento di Kakà dura poco, il titolare diventa lui. Ancelotti proverà a farli coesistere, con un 4-3-2-1 divenuto simbolico nella storia del Milan. Eppure, Rui Costa passerà molte partite in panchina, ad osservare le folate del numero 22 e della sua veloce esplosione. Sarà l'inizio della fine, poiché, nel 2006, il portoghese lascerà la casacca rossonera dopo 192 presenze, 11 goal e 46 assist.