Tonali ha mosso i primi passi nel quartiere Barona, in zona San Siro, sui campi della Lombardia Uno, società affiliata al Milan dal 1994. Si fa notare già all'epoca, ottiene un provino con i rossoneri, ma viene scartato. Partirà, dunque, per un giro un po' più lungo, tra le giovanili di Piacenza prima e Brescia poi, salvo poi arrivare, finalmente, in rossonero, ancora ragazzo, nell'estate 2020.